河套学院医学系现开设护理、助产、康复治疗技术3个专业，2016年新增医学影像技术专业，其中护理专业和助产专业是内蒙古自治区级品牌专业。目前有本科、专科两个办学层次，全日制在校生2749人。医学系是内蒙古自治区高等卫生医药类专业建设指导委员会主任委员单位，是全国高等医学教育学会护理教育分会理事单位，是巴彦淖尔市地区卫生技术人员培训基地、执业护士培训基地、全科医生培训中心，是巴彦淖尔市红十字会应急救护培训基地，是食品药品监督局继续教育基地。
2010年，医学系被巴彦淖尔市妇女联合会授予“巾帼文明岗”称号;2011年，医学系被全国妇联、中宣部授予 “全国巾帼文明岗”称号;2011年，医学系党总支被中共内蒙古自治区委员会授予“全区先进基层党组织”称号;同年被中共巴彦淖尔市委员会授予“全市先进基层党组织”称号。2014年9月被巴彦淖尔市政府授予“全市教育系统先进集体”称号。
医学系基础设施完善，实验实训中心总面积约10000平方米，下设有基础医学、基础护理、临床护理、助产、康复治疗、影像技术等66个专业实验实训室，完全能够满足教学需要。 近年来，医学系与澳门镜湖护理学院、北京协和护理学院、首都医科大学、天津医科大学、北京大学护理学院等高校就合作办学、教师培训、学术交流等建立了良好的协作关系;与内蒙古妇幼保健院、武警内蒙古总队医院、巴彦淖尔市医院等医院建立校企合作。与北京、天津、沈阳、大连、银川、张家口等区内外70多家医院达成了实习就业协议，为学生提供了广阔的实习就业基地。
河套学院医学系前身为巴彦淖尔盟卫生学校，始建于1960年，2004年整合并入河套大学。医学系是内蒙古自治区高等卫生医药类专业建设指导委员会主任委员单位，是全国高等医学教育学会护理教育分会理事单位，是巴彦淖尔市地区卫生技术人员培训基地、执业护士培训基地、全科医生培训中心，是巴彦淖尔市红十字会应急救护培训基地，是食品药品监督局继续教育基地。
河套学院环境优美，占地692亩，校舍建筑面积24万平方米，固定资产达5.0亿元，图书馆各类藏书80.9万册，拥有各类专业实验室、专业实训室、计算机中心、数字化校园网、体育馆、多功能厅等现代化教学、科研设施。2014年，投资10.2亿元、占地1100亩的新校区建设在黄河之滨全面开工，到2016年，学院将建成生态环境优美，基础设施完善，文化气息浓厚，生活学习和谐的现代化大学校园。
河套学院师资力量雄厚，现有教职工962人，专任教师509人，有教授、副教授177人，具有硕士、博士学位的教师193人。现已形成了以文学、理学为主，以农学为特色，工学、教育学、管理学、艺术学、医学等多学科协调发展的学科体系。建成自治区级品牌专业13个;自治区级精品课程19门;自治区优质精品课程2门。拥有自治区高等学校教学团队5个、教学名师7人、自治区教坛新秀3人。自治区科技特派员4人、巴彦淖尔市科技特派员14人。
招生计划：河套学院2016年计划在内蒙古、山东、河南、山西、甘肃、河北、吉林、四川、贵州、广西等省区招生，招生计划以各省级招生考试主管部门公布数据为准;
外语语种：报考英语专业要求外语语种为英语，其他专业入学后外语只开设英语教学，非英语语种考生谨慎报考;
